Mkvtoolnix是目前功能最齐全的Matroska合成器，除了WMV和MPEG-1/2之外，它几乎能将所有的媒体合成到MKV中去。
1、安装及运行
Mkvtoolnix解压之后，还要将Mkvtoolnix Runtime Package也一并解压到Mkvtoolnix所在的目录中，否则它是无法运行的。Mkvtoolnix的主程序mkvmerge.exe是命令行程序，不过这个软件包中还提供了一个GUI外壳程序mmg.exe，可运行它来对mkvmerge.exe进行操作。
2、文件导入
运行mmg.exe后，会弹出软件的图形界面，首先选择“Input”选择卡，点击上部“Input files”处的“add”按钮，将要合并的视频、音频、字幕文件一一添加到文件列表中，Mkvtoolnix功能的强大主要体现在能导入的格式上，除了MPEG视频外，几乎所有的主流音、视频格式它都能容纳，包括OGM和MKV格式本身！
3、轨道设置
如果视频中已经包括有音频，它还可以选择是保留还是不保留该音频！如果要去掉原有的音频，先在文件列表中选中该视频文件，然后在下面的Tracks列表中将音轨前的勾去掉即可。这样的功能要比OGM方便得多！
所有的轨道都可以加上语言类型、标题、作者等标示，先选定某个轨道，然后在下面“Track Options”处的“Language”下拉列表中进行选择。在字幕或声音不同步的情况下，还可设置声轨和字幕播放的延时时间，可将延时数值填入Delay后的文字框（单位为毫秒）。
4、文件分割
如果想将合并好的MKV文件刻入光盘，而最终合并好的文件可能超过光盘的容量的话，你可以对文件进行分割。选择“Global（全局）”选项卡，在其中的“Split（分割）”栏中勾选“Enable splitting（进行分割）”，分割有两种方式：“by size（按文件尺寸）”、“by time（按时间）”，这里当然应该按尺寸，具体的尺寸可从后面的下拉列表中选择。
5、输出
界面中的其它选项卡都是无关紧要的，可以不管。最后，在下面的“Output filename（输出文件名）”处设置输出文件的路径及名称后，点击“Start Muxing（开始合并）”按钮输出MKV文件。另外，Mkvtoolnix也可用于分离MKV文件，只要将MKV文件导入，再将每个码流单独命名输出就行了。
MKV的转换
Mkvtoolnix不能将ASF、WMV合并到MKV中，这个任务要由asf2mkv recorder 完成。运行asf2mkv recorder，在软件窗口的地址栏中输入源文件的完整路径（也可复制），然后单击“Record！”按钮，会弹出另存为对话框，在其中设置好MKV文件保存的路径及名称后即可输出MKV文件。
asf2mkv recorder只是简单的将ASF、WMV文件转换成MKV文件，不能合成多种音频，更不能合入字幕。不过，这种包含Windows Media的MKV文件已经可以用Mkvtoolnix进行处理了，要做到这些自然也不困难。
