使用SimpleITK读取NII格式三维图像及注意事项说明

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SimpleITK读取NII格式三维图像及注意事项

SimpleITK

python中SimpleITK被广泛用于医学图像的处理任务中，功能非常强大，但是使用的时候还需注意，尤其在图像读取时一定要注意维度。

读取NII格式的图像

#读取并显示NII图像文件
from matplotlib import pyplot as plt
import SimpleITK as sitk

img_path = 'res.nii.gz'
I = sitk.ReadImage(img_path)
img = sitk.GetArrayFromImage(I)
plt.imshow(img[1,...], cmap='gray', interpolation='bicubic')
plt.xticks([]), plt.yticks([]) and Y axis
plt.show()

上面的代码很简单，不多做解释，加入我们在最后加上

print(img.shape)

如果输出（300,200,120），其中分别表示该三维体数据在Z轴，Y轴，X轴上的尺寸，这和MATLAB以及ImageJ都有点不同，后续处理一定要注意。

SimpleITK读取nii文件并显示

import SimpleITK as sitk
from matplotlib import pyplot as plt

def showNii(img):
  for i in range(img.shape[0]):
    plt.imshow(img[i,:,:],cmap='gray')
    plt.show()

itk_img = sitk.ReadImage('C:\\Users\\86472\\Desktop\\1552282517.831928.nii')
img = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)
showNii(img)

总结

以上为个人经验，希望能给大家一个参考，也希望大家多多支持我们。