Python 读取 .gz 文件全过程

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Python 读取 .gz 文件

读取.gz 文件需要使用gzip 包，如果没有安装可以自行在终端安装

pip install gzip

import gzip
path = "" #你的文件路径
f = gzip.open(path, 'rb')

for line in f.readlines(): # 按行进行读取
  s = line.decode() # 读取之后要进行解码
  print(s) # s 为string类型，就是我们读取的文件中的一行

也可以批量读取，批量读取文件使用os包对文件夹中的所有文件进行

import gzip
import os\

path = "" #表示你要打开的文件夹
files = os.listdir(path) #files 是path中存放的所有文件名集合
for file in files:
  f = gzip.open(path+file, 'rb')
  for line in f.readline():
    print(line)

Python 读取gz文件，字符串与字节串的相互转换

首先是字节串转字符串，也就是str：

b = b'some byte array'

str(b, encoding = "utf-8") 
#or
bytes.decode(b)

然后是字符串python转为字节串：

s = 'some string'

bytes(s, encoding = "utf8") 
#or
str.encode(s)

fastq.gz文件读取

with gzip.open(fq,'r') as fastq:
 try:
  while True:
   line1 = next(fastq).decode() # 字节转字符串
   line2 = next(fastq).decode()
   line3 = next(fastq).decode()
   line4 = next(fastq).decode()
   
 except:
   pass

以上为个人经验，希望能给大家一个参考，也希望大家多多支持我们。