为了解决FAT16存在的问题，开发出FAT32系统。FAT32使用了32位的空间来表示每个扇区(Sector)配置文件的情形。利用FAT32所能使用的单个分区，最大可达到2TB(2048GB)，而且各种大小的分区所能用到的簇的大小，也是恰如其分，上述两大优点，造就了硬盘使用上更有效率。现将与分区与簇的大小汇整如下，我们可仔细做个比较：
分区大小 FAT16簇大小 FAT32簇大小
16MB-32MB 2KB 不支持
32MB-127MB 2KB 512bytes
128MB-255MB 4KB 512bytes
256MB-259MB 8KB 512bytes
260MB-511MB 8KB 4KB
512MB-1023MB 16KB 4KB
1024MB-2047MB 32KB 4KB
2048MB-8GB 不支持 4KB
8GB-16GB 不支持 8KB
16GB-32GB 不支持 16KB
32GB以上 不支持 32KB
以当前硬件所能支持的情况下，如将8GB硬盘划分为单个分区的话，使用的簇的大小也只有4KB，比起以往的FAT16来说，真是节省了许多空间。
三、FAT32使用上的限制
看到这些优点，你一定迫不及待地想将FAT16转换为FAT32。不过在转换之前，要注意下面几点：
（１）与其他的PC操作系统不兼容。当前支持FAT32的操作系统仅有MS-DOS 7.10、ROM-DOS 7.10、FreeDOS和Windows 2000以上版本，而其他操作系统则根本不能读取FAT32的分区。例如你以MS-DOS 6.x等旧版本的DOS启动盘开机的话，你硬盘中的FAT32分区就会凭空消失，完全看不到这个分区。另外，如果你要使用多重开机来启动多种不同的操作系统，建议你不要将Ｃ：这个分区改为FAT32。因为有一些操作系统会强迫一定要从Ｃ：这个主要分区来安装、开机，如果你将Ｃ：改为FAT32，而该操作系统不认FAT32，那就不能开机了。
（２）有些磁盘工具、防毒软件还不认得FAT32，可能会造成转换后，磁盘工具软件不能对FAT32的分区进行磁盘处理工作，而防毒软件会不认得这种文件系统，误判为中毒现象。
（３）一些版本较旧的软件不能在FAT32的分区中执行，例如Office 95等。
