如果配置选项是唯一PHP_INI_SYSTEM属性的，必须通过php.ini和httpd.conf来修改，它们修改的是PHP的Master值，但修改之后必须重启apache才能生效。其中php.ini设置的选项是对Web服务器所有脚本生效，httpd.conf里设置的选项是对该定义的目录下所有脚本生效。
如果还有其他的PHP_INI_USER, PHP_INI_PERDIR, PHP_INI_ALL属性的选项就可以使用.htaccess文件设置，也可以通过在脚本程序自身用ini_set()函数设定，它们修改的是Local值，改了以后马上生效。但是.htaccess只对当前目录的脚本程序生效，ini_set()函数只对该脚本程序设置ini_set()函数以后的代码生效。各个版本的选项属性可能不尽相同，可以用如下命令查找当前源代码的main.c文件得到所有的选项，以及它的属性：
# grep PHP_INI_ /PHP_SRC/main/main.c
在讨论PHP安全配置之前，应该好好了解PHP的safe_mode模式。
1、safe_mode
safe_mode是唯一PHP_INI_SYSTEM属性，必须通过php.ini或httpd.conf来设置。要启用safe_mode，只需修改php.ini：
safe_mode = On
或者修改httpd.conf，定义目录：
Options FollowSymLinks
php_admin_value safe_mode 1
重启apache后safe_mode就生效了。启动safe_mode，会对许多PHP函数进行限制，特别是和系统相关的文件打开、命令执行等函数。
所有操作文件的函数将只能操作与脚本UID相同的文件，比如test.php脚本的内容为：
几个文件的属性如下：
# ls -la
total 13
drwxr-xr-x 2 root root 104 Jul 20 01:25 .
drwxr-xr-x 16 root root 384 Jul 18 12:02 ..
-rw-r--r-- 1 root root 4110 Oct 26 2002 index.html
-rw-r--r-- 1 www-data www-data 41 Jul 19 19:14 test.php
在浏览器请求test.php会提示如下的错误信息：
Warning: SAFE MODE Restriction in effect. The script whose uid/gid is 33/33 is not allowed to access ./index.html owned by uid/gid 0/0 in /var/www/test.php on line 1
如果被操作文件所在目录的UID和脚本UID一致，那么该文件的UID即使和脚本不同也可以访问的，不知这是否是PHP的一个漏洞还是另有隐情。所以php脚本属主这个用户最好就只作这个用途，绝对禁止使用root做为php脚本的属主，这样就达不到safe_mode的效果了。
如果想将其放宽到GID比较，则打开 safe_mode_gid可以考虑只比较文件的GID，可以设置如下选项：
safe_mode_gid = On
设置了safe_mode以后，所有命令执行的函数将被限制只能执行php.ini里safe_mode_exec_dir指定目录里的程序，而且shell_exec、`ls -l`这种执行命令的方式会被禁止。如果确实需要调用其它程序，可以在php.ini做如下设置：
safe_mode_exec_dir = /usr/local/php/exec
然后拷贝程序到该目录，那么php脚本就可以用system等函数来执行该程序。而且该目录里的shell脚本还是可以调用其它目录里的系统命令。
